不動産登記の登録免許税について！税率や軽減措置も解説

マイホームの購入に向けた資金計画を立てる際、物件価格以外にかかる諸費用、なかでも「登録免許税」の仕組みや金額について不安を感じてはいませんか。
正しい税率や利用できる軽減措置を理解しておかなければ、資金計画にズレが生じたり、思わぬ出費につながったりする可能性があります。
本記事では、不動産購入時に必須となる登記の基礎知識から登録免許税の税率、さらに条件を満たせば利用できるお得な軽減措置までを解説します。
少しでも諸費用を抑えて、理想のマイホームを手に入れたいとお考えの方は、ぜひご参考になさってください。

不動産登記時に支払う登録免許税とは

不動産購入の手続きを進めるにあたり、まずは基礎知識から確認しましょう。
はじめに、登録免許税の目的や登記情報の種類、その他にかかる諸費用について解説していきます。

登録免許税の課税対象

登録免許税とは、不動産の登記をおこなう際に国へ納める税金のことで、所有権などの権利を公にする手続きに伴って発生します。
不動産登記には、土地や建物の権利関係を明確にし、安心して取引できる環境を整える役割があります。
この税金は、権利が証明されることで取引の安全性が高まる点に着目しており、対価としての性格も持ち合わせているのが特徴です。
また、納税義務者は登記を受ける方と定められており、売買においては、買主が中心となって手続きを進めるケースが一般的です。
納付方法は、現金で支払って領収証書を添付する形式のほか、条件によっては収入印紙や電子納付も選択することができます。

登記簿謄本の確認方法

登記事項証明書は、法務局で取得できる不動産の公式書類で、購入前後の確認に欠かせません。
一戸建ては土地と建物が別不動産のため、それぞれの謄本を並べて確認すると、名義や関係性を把握しやすくなります。
登記記録は表題部と権利部で構成され、権利部は甲区と乙区に分かれているため、順に確認していきましょう。
表題部には所在や地積などが記載されており、建物であれば構造や床面積などの現況がわかるため、物件説明書との照合に役立ちます。
また、甲区には所有者情報、乙区には抵当権などが記載されており、住宅ローンの有無を確認することが可能です。
取得方法としては窓口や郵送、オンライン申請が可能で、オンラインを利用すると手数料を抑えられます。

司法書士報酬と総費用

登記費用は、登録免許税などの実費と司法書士への報酬に分けて考えると、見積もり内容を整理しやすくなります。
登録免許税は、固定資産税評価額を課税標準として税率を掛けて算出され、売買価格とは異なる点がポイントです。
計算時には、課税標準の1,000円未満と税額の100円未満をそれぞれ切り捨てて、最終的な納付額を確定します。
ただし、実費には証明書取得や郵送にかかる費用も含まれるため、数百円から数千円程度を見込んでおきましょう。
なお、司法書士報酬は、移転登記で5万円～10万円程度が目安となり、内容によって変動します。

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主要な登記手続きごとの税率と計算方法

前章では、登記費用の内訳について述べましたが、具体的な金額を知るにはそれぞれの税率を把握する必要があります。
ここでは、所有権の保存や移転、抵当権設定など、種類ごとの税率について解説します。

所有権保存登記の計算

所有権保存登記とは、新築建物などまだ所有者が登録されていない不動産に、初めて名義を登録する手続きです。
新築物件では建物は保存登記、土地は移転登記となるため、2つをあわせて考えると費用を把握しやすくなります。
税率は原則0.4%で、固定資産税評価額を課税標準とする点は他の登記と同様です。
たとえば、評価額1,800万円の場合、0.4%を掛けて税額は7万2,000円と計算できます。
なお、住宅用家屋の要件を満たせば税率軽減の特例もあり、端数処理後は100円単位で納付額が確定します。

所有権移転登記の税率

所有権移転登記は、売買により不動産の所有者が変わる際におこなう、マイホーム購入の中心となる手続きです。
原則の税率は2.0%ですが、土地の売買については特例により、用途を問わず無条件で「1.5%」に軽減されています。
※2026年3月31日までの時限措置。今後の税制改正による延長動向には注意が必要です。
さらに建物の税率についても、購入した物件をマイホーム（住宅用家屋）として使用するなど一定の条件を満たせば、原則の2.0%から「0.3%」へ大幅に下がる軽減措置を受けられます。
ただし、軽減税率の適用には住宅用家屋証明書などが必要となるため、事前に準備しておくことが大切です。
なお、課税標準は評価額となるため、評価証明書などで金額を確認し、計算の基準をそろえておきましょう。

抵当権設定と注意点

抵当権設定登記は、住宅ローン利用時におこなわれることが多く、借り入れ額である債権額を基に税額を計算します。
原則の税率は0.4%で、債権額は借り入れ額と一致するのが一般的なため、金銭消費貸借契約書の金額を確認しておきましょう。
たとえば、借り入れ額3,000万円の場合、0.4%を掛けて税額は12万円となります。
住宅用家屋の要件を満たす場合は税率が0.1%に軽減され、同額の借り入れでも税額は3万円まで抑えられます。
なお、所有権移転と同日に申請することが多いため、金融機関や司法書士と事前に流れを整えておくことが大切です。

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住宅用不動産購入時の登録免許税の軽減措置と適用要件

ここまで、登記手続きごとの税率と計算方法を解説しましたが、マイホーム購入時には、税負担が軽くなる制度もおさえておきましょう。
最後に、住宅用家屋に適用される軽減措置の要件や、認定住宅のメリットについて解説していきます。

軽減措置の要件と流れ

住宅用の軽減措置とは、購入した不動産をマイホームとして使用することを前提に、一定の条件を満たすことで税負担が軽くなる制度です。
主な要件として、床面積が50㎡以上であることなどが挙げられるため、ご自身が住むための住宅であることを説明できるよう、準備を進めましょう。
適用を受けるためには、「住宅用家屋証明書」という書類を取得し、登記申請書に添付するのが基本的な流れです。
この証明書は市区町村の窓口で申請可能であり、建物の図面や売買契約書の写しなど、案内にしたがって必要書類を揃えて提出します。
また、入居予定があることを示すために、住民票の異動予定や入居予定日などの情報を整理しておくと、申請時の説明がスムーズになります。

長期優良住宅等の優遇

長期優良住宅や認定低炭素住宅では、登録免許税が優遇され、税率がさらに低くなるメリットがあります。
たとえば、建物の保存登記は0.1%、建物の移転登記は0.2%となり、一般住宅より負担が軽減されます。
通常の軽減措置と併用することで、税額を大きく抑えられ、認定住宅の価値を実感しやすくなるでしょう。
また、長期優良住宅は性能や維持保全計画が評価され、将来を見据えた住まいとして安心感があります。
優遇を受けるには認定通知書などが必要なため、契約前後で書類を確認しておくことが大切です。

申請時の書類と注意点

軽減措置は自動適用ではなく申請が必要なため、証明書類を不備なく準備することが重要です。
認定住宅では、認定通知書の写しや床面積がわかる図面を、登記申請書とあわせて決済日までに用意します。
住宅用家屋証明書や住民票、登記原因証明情報なども必要となるため、司法書士の案内に沿って整理すると良いでしょう。
また、中古住宅の場合、以前は「築20年（または25年）以内」という厳しい制限がありましたが、2022年の税制改正で要件が緩和され、現在では「昭和57年（1982年）1月1日以降に建築された物件」であれば、原則として耐震性の証明書等がなくても軽減措置を受けられるようになっています。
税額は、購入価格ではなく評価額を基準に計算し、床面積も登記簿記載の数値で確認することが大切です。

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まとめ

登録免許税は、固定資産税評価額を基に算出される税金と、司法書士への報酬を含めた総額で準備します。
登記の種類ごとに税率が定められており、保存は0.4%、移転は2.0%などの原則税率を用いて、端数処理後の税額を計算します。
床面積50㎡以上などの要件を満たす住宅や、認定住宅は軽減措置を受けられるため、証明書提出により税負担を抑えることが可能です。